JTheseus verfügt im Standard über die Möglichkeit der Dokumentenverwaltung inklusive der Ablage in einem eigenem Dateisystem. Alternativ können die Dokumente auch auf einem Microsoft Sharepoint Server abgelegt werden, der weitere Möglichkeiten der Dokumentenverwaltung wie den Zugriff auf die Dokumente auch außerhalb von JTheseus, Versionsverwaltung, Änderungsverfolgung etc. bietet.