Das Modul Belegwesen ermöglicht die Anlage von Belegen (z.B. Angebote) innerhalb von JTheseus. Über eine Schnittstelle zum jeweiligen ERP-System (z.B. SAP) werden Kunden- und Belegdaten zwischen den Systemen ausgetauscht. JTheseus bietet hier auch die Möglichkeit direkt von der Kundenmaske einen Beleg innerhalb des ERP-Systems (abhängig vom eingesetzten Produkt) zu öffnen.